菲利普·德朗布尔（布雷特·海尔赛 Brett Halsey饰）决定完成父亲的遗志，实现他生前留下的实验。但是菲利普的叔叔弗朗索瓦·德朗布尔（文森特·普莱斯 Vincent Price饰）拒绝提供任何帮助。无奈的菲利普只能雇佣艾伦·海因斯（大卫·弗兰克汉姆 David F rankham饰）来帮助自己，并动用父亲留下的资金。可是实验装备还没齐全资金就耗尽了。当菲利普威胁叔叔弗朗索瓦要卖掉属于父亲的那一半财产时，弗朗索瓦突然一百八十度大转弯，不仅态度有所缓和，还答应借给他资金。几经周折，时空交错机器终于启动，

「超能力开发研究所」突然遭到无数不明物体的攻击，研究所已经完全被破坏殆尽。混乱中，原本在研究所中的超能力者令与纱绫香趁隙逃了出来。数月之后，不明物体的攻击再度出现，这次的目标竟然是纱绫香，翔一闻讯之后立即变身为假面骑士亚极陀，与G3-X一同前住救援。但战斗中G4的出现让大家非常震惊。在两个月前，G4的蓝图被盗，它的力量过于强大，所以装备它的人都会性命不保。到底是谁偷走G4设计图又制造了它？不明物体的攻击到底来自何方？假面骑士亚极陀，G3-X，G4与不明物体之间的战争一触即发！

南太平洋1000尺的深海海底，美国政府发现了一艘已有300年历史的神秘太空船。当局立刻组成了一队由心理学家诺曼·古德曼、生物化学家贝丝·哈波琳和数学家哈瑞·亚当斯这三位顶尖科学家组成的科学小组前往当地调查。他们利用高科技的实验艇深入海底进行探测。然而船体内部的一个巨大而怪异的球状体，拥有着洞悉每个人的内心世界的强大魔力，它似乎能控制每个人的思想和行为。